Importación DICOM y anonimización
Para anonimizar archivos dicom es recomendable usar Dicomcleaner de pixelmed. Se puede usar en cualquier sistema operativo y tiene interfaz gráfica. Por otra parte dicomcleaner permite importar archivos desde un CD y desde el servidor PACS que aloja las imágenes dicom en una institución.
Desde el PACS
Los datos de configuración deben ser introducidos por el personal de tecnología de la institución o del propio personal que administra el PACS.
Pasos para anonimizar
- Usar Dicomcleaner de pixelmed
- Conectarse al PACS (servidor)
- Buscar por ID comenzando con *
- Realizar Query (Consultar)
- Darle a Retrieve (Recuperar)
- Hacer Clean (Limpiar) - Revisar opciones de anonimización
- Export (Exportar):
- Anonimizado para investigación
Desde DVD CD USB
Pasos para anonimizar
- Usar Dicomcleaner de pixelmed
- Insertar DVD o CD
- Importar carpeta (import)
- Hacer limpieza y anonimización (Clean)
- Revisar opciones de anonimización como "accession number"
- Exportar (Export):
- Anonimizado para investigación
Intercambio de imágenes dicom
Es recomendable que para el intercambio de imágenes se usen formatos comprimidos como ZIP o tar.gz. Subir archivos por ejemplo a un servicio de nube sin su compresión puede incrementar las probabilidades de errores dado que generalmente las neuroimágenes producen miles de archivos y la falta de uno de ellos puede corromper la visualización o conversión a otros formatos.
Videotutorial
En el siguiente video tutorial se muestran elmentos que explican los anteriores pasos.
Deface
Un segundo paso de anonimización es el deface o eliminación del rostro. Dado que es posible reconstuir una imágen en tercera dimensión a partir de las resonancias estructurales, es viable reconstruir la cara de una persona y por ende identificarla publicamente. Esto atentaría contra el principio de anonimato en las investigaciones clínicas. De esta manera hoy en día se procede a realizar la eliminación del rostro por medio de software.
Una herramienta sencilla y eficiente es pydeface
pip install pydeface
Una vez se tiene instalada se puede correr bien sea serial o paralelamente. Utilice la versión serial si debe realizar el procedimiento un gran número de veces.
pydeface t1.nii.gz
Resultado
Para hacer defacing en paralelo puede bajar el script siguiente: